対処方法
Macでアプリケーションを更新したり（Atomエディタの更新で現象が出ました）、インストール/アンインストールすると削除したはずの古いバージョンのアプリがリストに表示されたりする場合があります。
最初はほったらかしてたのですが、徐々に増えてきてさすがにうっとうしくなってきたので整理しようと調べました。
ターミナルを起動して以下のコマンドを実行するとリストがきれいに整理されます。
$ /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain user $ killall Finder
参考サイト：
https://qiita.com/yshishido/items/c213bcd1f5ee4a64c154
https://coderwall.com/p/kpdwba/how-to-clean-open-with-duplicates
